Ενώ ο Πόλεμος του Κόλπου έχει τα φώτα της δημοσιότητας, μια σκιώδης μυστική δύναμη έχει διεισδύσει στα υψηλότερα επίπεδα της CIA, χαρακτηρίζοντας όποιον αντιστέκεται ως προδότη. Εξορισμένοι από την υπηρεσία και τη χώρα τους που κάποτε τους χαιρέτιζε ως ήρωες, ο βετεράνος των Black Ops Frank Woods και η ομάδα του βρίσκονται κυνηγημένοι από τη στρατιωτική μηχανή που τους δημιούργησε.