Cvijeće za Algernona studija je karaktera jednog čovjeka, Charlieja Gordona. Charlie je tridesetdvogodišnjak s poteškoćama u razvoju i dobit će priliku podvrgnuti se kirurškom zahvatu koji će dramatično povećati njegove mentalne sposobnosti. Postupak je već bio proveden na laboratorijskom mišu Algernonu, s izvanrednim rezultatima. Charlie će biti prvi ljudski subjekt.
U nizu izvještaja o napretku, Charlie dokumentira sve što mu se događa. Kako se Charliejeva inteligencija povećava na genijalnu razinu, čitatelj ne samo da čita o promjenama iz Charliejeva gledišta, već vidi i promjenu koja se očituje u Charliejevoj sposobnosti pisanja. Međutim, ovaj skok u inteligenciji nije nužno dobra stvar. Charlie se sada može prisjetiti prošlih događaja koji su oblikovali njegov život i analizirati prošla prijateljstva s obzirom na to kakva su bila ili nisu. Također ima poteškoća u sklapanju novih prijateljstava i uspostavljanju novih veza zbog nedostatka socijalne inteligencije koju operacija nije mogla ispraviti niti predvidjeti. I, konačno, zbog svoje povećane inteligencije, Charlie je sposoban otkriti “fatalnu grešku” eksperimenta…