Nattokinaza je enzim dobiven iz natto, tradicionalne japanske hrane od fermentiranih sojinih zrna. Tijekom procesa proizvodnje natto-a, ne-GMO soja se kuha i fermentira dobrom bakterijom Bacillus subtilis koja proizvodi nattokinazu. Bacillus subtilis natto (dobre bakterije koje nastaju tijekom procesa fermentacije) proizvode funkcionalne proteine (uključujući nattokinazu).