הסיפור של סאמוס ממשיך לאחר אירועי המשחק Metroid Fusion כאשר היא נוחתת בכוכב ZDR כדי לחקור תשדורת מסתורית שנשלחה לפדרציה הגלקטית. הכוכב הנידח הפך מוצף בצורות חיים חייזריות ובאיומים מכניים מצמררים. סאמוס זריזה ועצמאית יותר מתמיד, איך האם היא תצליח להתגבר על הסכנות המתחבאות בכוכב ZDR?