Skurken Dr. Eggman og medhjelperen hans, Cubot, tar dyr til fange som drivkraft til oppfinnelsene sine. Du må sende Sonic av sted i fartskulen, sånn at han kan redde dyrevennene sine. Du må passe deg for piggene for å treffe Dr. Eggman rett på og slå av roboten hans. Med Dr. Eggman ute av dansen kan Sonic og vennene hans lete gjennom forskningsbasen for å samle informasjon til neste oppdrag.