W kuchni mąka z nasion lnu brązowego może być stosowana samodzielnie lub jako dodatek do innych mąk. Ze względu na bardzo dobre właściwości wiążące polecana jest do wypieku pieczywa, które przypomina w smaku chleb razowy, naleśników, placków wyrobów cukierniczych oraz do przyrządzania deserów, m.in. kisieli,koktajli, budyni. Może też służyć jako posypka lub panierka.
Mąka lniana ma powszechne zastosowanie w kuchni ketogenicznej i paleo.