Первоначально сыроделы региона Франш-Конте делали Морбье для собственного употребления. В конце дня, после дойки, крестьянин изготавливал сырный сгусток небольшого размера. На следующее утро он делал ещё одну заготовку и укладывал её поверх первой. Чтобы за ночь первый слой не испортился, а также для защиты от насекомых, его смазывали тонким слоем сажи, образовывавшим корочку. Так возникла характерная особенность этого сыра — хорошо заметная на разрезе тёмная прослойка.