V daljni prihodnosti ljudje ne bodo več naseljevali Zemlje. Vzrok njihovega izginotja (ali morda smrti) ni znan, vendar je njihova odsotnost pustila praznino, pripravljeno, da jo zapolni druga čuteča vrsta.
V razponu neštetih generacij se je ena vrsta skromne medonosne čebele razvila, da bi zapolnila to praznino. Povečali so se v velikosti in inteligenci, da so postali zelo napredna družba. Imenujejo se Mellifera in dosegli so znaten tehnološki napredek.
V igri Apiary vsak igralec nadzoruje 1 od 20 edinstvenih frakcij. Vaša frakcija začne igro s panjem, nekaj viri in čebelami delavkami. Čaka vas izziv namestitve delavcev in gradnje panjev: raziskujte planete, zbirajte vire, razvijajte tehnologije in ustvarjajte rezbarije, da pokažete moč svoje frakcije (merjeno v zmagovalnih točkah) v enoletnem toku.